杰斐逊自己虽不相信神迹，但他遵从耶稣的道德观，这不能看作他是反基督的，他甚至自称为“真正的基督徒”。至于所谓“基督教的神是三个头的妖魔”那是他个人对他所处的那个时代的基督教的看法，事实上他自制过简要版福音书，收录耶稣的道德哲学。

美国的政教分离实际上削弱了教权主义（神权政治），正是杰斐逊不会被处死的原因。